双方意愿：申请人和受益人作为保函的主要利益相关方，若基于自身利益考虑和实际业务情况，经协商达成一致，就可以对保函期限进行调整。例如，申请人希望缩短保函期限以减少担保责任时间，而受益人在评估风险后也同意，那么就可以进行相应调整。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从风险保障角度看
预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。
从法律规定角度看
只要预付款保函期限的约定是在法律法规允许的范围内，且是合同双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，那么保函期限超过预付款使用期限是合法有效的，受到法律的保护。我国《民法典》等相关法律法规尊重当事人的意思自治，允许合同双方根据实际情况协商确定保函期限等条款。